Lepelaars broeden op eilanden, in duinvalleien en op kwelders, en in het binnenland ook graag in moerassen met veel waterriet en wisselend, natuurlijk waterpeil. De soort nestelt veelal op de grond in rietvelden of ruigtes of op kwelders maar in toenemende mate ook in struiken en bomen.

De lepelaars in Nederland broeden meestal van eind maart tot en met eind juli, soms eerder. Ze hebben één legsel per jaar van 2-5 eieren die zo’n 25 dagen worden bebroed. Ze beginnen met broeden na het leggen van het eerste of tweede ei, waardoor de kuikens asynchroon uitkomen. Lepelaars broeden vrijwel overal in gemengde kolonies met reigers, aalscholvers, grauwe ganzen of zilver- en/of kleine mantelmeeuwen. Deze soorten zorgen door hun agressie voor een veilige kolonie. Lepelaars zijn door de vorm van hun snavel immers nauwelijks in staat om zichzelf te verdedigen bij een aanval door een predator.

Jongen zijn na zo’n 7 weken vliegvlug. Na 3 tot 4 jaar zijn de vogels geslachtsrijp. De juveniele lepelaars blijven nog een tijd bij de ouders, bedelend om voedsel en om te leren foerageren.