Met name vanwege het gebruik van pesticiden in de landbouw was het aantal broedparen in de jaren 60 en 70 historisch laag. Er waren toen nog maar rond de tweehonderd broedparen in Nederland. Van 1962 tot en met 1979 waren er slechts vijf tot zes grote kolonies in heel Nederland: het Naardermeer, Zwanenwater, de Muy en de Geul beiden op Texel, Terschelling en de Oostvaardersplassen. Vanaf 1979 groeide het aantal kolonies gestaag en begin jaren negentig is de sterke groei begonnen. Vanaf 1997 kwam het aantal boven de 20. Daarna ging het hard, met als maximum 63 kolonies in de jaren 2017 en 2018 en meer dan 3.000 broedparen in 2020 en 2021. Maar alweer meer dan 4.000 in 2021.
De situatie is nu wel heel anders dan zo’n 30 jaar geleden. In 1988 verdween de beroemde lepelaarkolonie van het Naardermeer. In de jaren tachtig kregen ook de lepelaars in het Zwanenwater en in de Oostvaardersplassen het moeilijk door de komst van de vos. En eigenlijk lijkt het erop dat juist met de komst van de vos de lepelaars andere plekken zijn gaan zoeken. Die hebben ze allereerst op de Waddeneilanden gevonden, want in 1983 ontdekten de lepelaars de Schorren op Texel en Bomenland op Vlieland en in 1992 Schiermonnikoog. Intussen was in 1989 ook het eiland in het Quackjeswater ontdekt als broedplek. Hier zijn ze sindsdien altijd gebleven met een maximum van maar liefst 277 broedpaar in 2018. De lepelaars vonden dus plekken waar de vos niet kan komen.
Inmiddels hebben de lepelaars alle Waddeneilanden van Nederland gevonden, maar hebben ze ook het vasteland en de Zeeuwse en Zuid-Hollandse Delta gekoloniseerd. Vanaf 2007 is het aantal in de Delta het aantal op het vasteland gepasseerd. Wat opvalt, is dat er heel veel kleine kolonies zijn ontstaan op het vasteland. Soms broedt er ergens een paartje voor een jaar of twee, maar dan zet dat niet door. Een mooi voorbeeld is een paartje in het Sloterpark, dat na twee jaar popconcerten er de brui aan gaf. En een paartje in Arcen in Limburg, toch ook niet echt een plek waar je aan lepelaars denkt…. Op Drenthe na broeden er nu in iedere provincie lepelaars. Vanuit Nederland hebben de Lepelaars zich verspreid naar de Duitse en Deense Wadden, België, Frankrijk en sinds enkele jaren Engeland.
Nu dus maar liefst 4.000 paar. Is het veel? Als je het vergelijkt met het aantal broedparen van bijvoorbeeld de Aalscholver (20.000-25.000) lijkt het nog steeds een kwetsbaar aantal. De 4.000 paar in Nederland is meer dan de helft van de hele West-Europese populatie. Spanje maakt daar dan een groot deel van uit. Maar bij droogte, zoals in de afgelopen jaren, broeden er in de Coto Doñana (bijna) geen lepelaars en is het aandeel in Nederland dus nog veel groter.
Uit onderzoek op de Waddeneilanden is naar voren gekomen dat het broedsucces (het aantal uitgevlogen jongen per ouderpaar) van de lepelaars afneemt als de kolonie groeit. In recente jaren vliegt er vaak minder dan één jong per nest uit. Ter vergelijking, in een vrij nieuwe kolonie bij de Buitenliede bij Haarlem worden jaarlijks 2 of 3 kuikens grootgebracht. Het lijkt er dus op dat voedselaanbod een beperkende factor is in het Waddengebied.